Knox không ghi lại thời điểm và diễn biến những trải nghiệm của ông chấp nhận đức tin Kháng Cách,[11][12] nhưng có lẽ ông chịu ảnh hưởng của George Wishart.[13] Wishart là một nhà cải cách, rời Scotland năm 1538 để tránh những cáo buộc dị giáo. Đến Anh, tại Bristol ông thuyết giảng chống lại việc sùng kính Mary. Wishart bị buộc phải công khai rút lại ý kiến, sau đó tìm đến tị nạn tại Đức và Thụy Sĩ. Trong thời gian ở đại lục, ông dịch bản Tín điều First Helvetic sang tiếng Anh.[14] Năm 1544, Wishart quay trở lại Scotland, nhưng tình hình trong nước vào thời điểm ấy không thuận lợi cho ông. Tháng 12 năm 1543, Quốc hội Scotland thông qua luật xét xử người dị giáo. Đạo luật nhận được sự ủng hộ của James Hamilton, Công tước Châtellerault, nhiếp chính cho Mary, Nữ hoàng Scotland, và được thực thi bởi Hồng y David Beaton.[15] Wishart đi khắp Scotland để thuyết giảng nhằm tìm kiếm sự ủng hộ cho công cuộc cải cách, khi đến East Lothian, ông gặp Knox và hai người kết thân với nhau. Knox đi cùng Wishart, với một thanh gươm hai lưỡi, để bảo vệ ông.[16] Tháng 12 năm 1545, Wishart bị Patrick Hepburn, Bá tước Bothwell, bắt giữ theo lệnh của Beaton, và giải đến Lâu đài St Andrew.[17] Knox có mặt trong đêm Wishart bị bắt, muốn theo Wishart vào chỗ giam cầm, nhưng Wishart bảo Knox, "Đừng, hãy trở lại tòa giảng, xin Chúa ban phước cho ông. Một người là đủ cho sự hi sinh này rồi."[18][19] Wishart bị truy tố về tội dị giáo. Ngày 1 tháng 3 năm 1546, ông bị đưa lên giàn hỏa thiêu trước sự chứng kiến của Hồng y Beaton.

Người ta không biết rõ Knox làm gì sau khi Wishart bị bắt giữ. Có lẽ ông tìm đến Longniddry để tị nạn.[8] Tuy nhiên, chỉ vài tháng sau Knox trở lại công việc gia sư, dạy các con trai của Douglas và Cockburn, lúc ấy cũng đang trốn tránh từ nơi này đến nơi khác. Knox tính đến việc đào thoát sang Đức, và đưa các học trò đi cùng. Tuy nhiên, khi Knox còn đang lẩn trốn, ngày 29 tháng 5 năm 1546, một nhóm năm người đột nhập vào Lâu đài St Andrew ám sát Hồng y Beaton trả thù cho vụ hành quyết Wishart. Sau khi chiếm giữ lâu đài, người thân và bằng hữu của họ tìm đến tị nạn tại đây. Trong số khoảng 150 người tị nạn có Henry Balnaves, từng là bộ trưởng trong chính phủ, bị sa thải và tống giam vì ủng hộ tư tưởng Kháng Cách, ông cũng là người đàm phán với Anh để tìm kiếm sự hỗ trợ tài chính cho phe nổi dậy.[20] Douglas và Cockburn cũng đến tị nạn ở đây, nhắn tin cho Knox nhờ đem con của họ đến lâu đài để có thể tiếp tục dạy dỗ chúng trong đức tin cải cách. Ngày 10 tháng 4 năm 1547, Knox đến Lâu đài St Andrew.[21][22]

Tại đây, Knox thuyết giảng lần đầu trước giáo đoàn, trong đó có thầy cũ của ông, John Major,[23] luận giải chương 7 của sách Daniel, ví sánh giáo hoàng với Dâm phụ thành Babylon, một ẩn dụ được chép trong Khải Huyền chương 17 và 18. Vài ngày sau, một buổi thảo luận được sắp xếp cho phép Knox trình bày luận đề mà ông sẽ rao giảng suốt cuộc đời: mọi nghi thức không được quy định trong Kinh Thánh đều là tội thờ lạy hình tượng.[24]